Windows käyttää NTFS tiedostojärjestelmää, OSX HFS:ää. Windows vaatii lisäkilkkeitä (esim. HFSExplorer) HFS:n käpistelyyn, OSX taitaa suoraan paketista lukea NTFS:ää, kirjoitus vaatii lisäsoftaa. Molemmat lukevat ja kirjoittavat FAT/FAT32/exFAT tiedostojärjestelmiä out of the box.
Jos lykkäät kaupasta ostetun formatoimattoman levyn kiinni koneeseen, käyttis mielellään formatoi sen omalla tiedostojärjestelmällään ellei erikseen muuta käsketä.